Научно-исследовательская работа в МГППУ является важной составной частью функционирования университетского комплекса и направлена на решение проблем психолого-педагогической поддержки модернизации образования г. Москвы.

Следует особо отметить стратегию построения научно-исследовательской и научно-практической работы в Университете. Она заключается в тесном взаимодействии преподавателей кафедр, сотрудников научных подразделений с образовательными учреждениями, в построении общего пространства совместной научно-исследовательской и научно-практической работы с широким привлечением студентов и аспирантов.
Особая задача Университета - интеграция науки и образования. Для ее решения был создан научно-образовательный комплекс «Психология» (Психологический институт РАО и МГППУ).

В рамках НОК «Психология» фундаментальные проблемы психологической науки изучаются лабораториями Психологического института РАО, а исследования научных подразделений МГППУ направлены на создание прикладных технологий работы психолога в системе образования. Лаборатории, кафедры и сектора МГППУ базируются в практических психологических центрах г. Москвы, совмещая научно-исследовательскую деятельность с отработкой конкретных технологий непосредственно на практике. При этом практические центры выступают и как экспериментальные базы для реализации тех или иных разработок, и как самостоятельные научные центры, в которых научно-исследовательская деятельность инициируется сотрудниками вуза. В целом, каждая кафедра МГППУ располагает своей экспериментальной и практической базой.
Более того в структуру МГППУ входят Центр экстренной психологической помощи (ЦЭПП) и Центр научно-методического обеспечения Службы практической психологии образования (ЦНМО СППО).

Плановые работы научных подразделений и кафедр МГППУ ориентированы прежде всего на решение прикладных проблем системы образования г. Москвы. На ближайшие годы определены следующие научные направления:

- психолого-педагогические основы образования;
- методология организации службы практической психологии столичного образования;
- психологическое сопровождение детей с особыми нуждами;
- разработка психологического инструментария;
- психологическое обеспечение отбора и подготовки кадров.

Научные и научно-практические темы лабораторий института имеют прямое отношение к учебным специализациям, обеспечивая высокое качество учебного процесса и сохраняя атмосферу научного поиска в преподавании предметов. Результаты исследований сотрудников университета используются в учебном процессе как непосредственно в авторских курсах, так и в ходе проведения психологической и педагогической практики.

Факультеты и кафедры института выступают в качестве организаторов научных и научно-практических конференций, конгрессов, круглых столов, семинаров, симпозиумов и т.п., в том числе международных.

В Университете в течение ряда лет работает научное общество студентов, аспирантов и молодых ученых МГППУ и Психологического института РАО - "НОМУС". Регулярно проводятся студенческие научные конференции и конкурсы. Для развития научного потенциала студентов ежегодно устраиваются выездные психологические школы.